清兵入关后，流亡在外参加抗清复明活动。南明亡后，东渡定居日本，在长崎、江户（今东京）授徒讲学，传播儒家思想，很受日本朝野人士推重。著有《朱舜水集》。
其学特点是提倡“实理实学、学以致用”，认为“学问之道，贵在实行，圣贤之学，俱在践履”，他的思想在日本有一定的影响（水户学）。朱之瑜和黄宗羲、王夫之、顾炎武、颜元一起被称为“明末清初中国五大学者”。并与王阳明、黄宗羲、严子陵称为余姚四先贤。
朱之瑜的学术博采众家所长，常谓“千金之裘，非集于一狐之腋”，博通经史，最喜《资治通鉴》，长于《春秋》；道德思想方面，主张忠君爱国，推崇苏武、文天祥的伟大人格。正是这种不尚虚华的学风、扎实严谨的学问和刚直崇高的人格，他的学术于日本发扬光大，当时的日本学者以师事朱之瑜为荣，比拟为“七十子之事孔子”。他的学生遍布日本，最著名的有历史学家、《大日本史》的作者安东守约，日本儒学古学派的奠基人、江户时代著名哲学家伊藤仁斋，德川家康的孙子、政治家、儒学“水户学派”的始祖德川光国，江户时代著名经学家山鹿素行、木下顺斋等等。朱之瑜一生著述不甚多，但几乎全在日本所撰，有《朱舜水先生文集》、《安南供役纪事》、《阳久述略》、《释奠仪注》等等。
他论学问，以实用为标准。所谓实用者，一曰有益于自己身心，二曰有益于社会。他说：“为学之道，在于近里着己，有益天下国家，不在掉弄虚脾，捕风捉影。……勿剽窃粉饰自号于人曰‘我儒者也’。处之危疑而弗能决，投之艰大而弗能胜，岂儒者哉？”他对明朝的八股取士深恶痛绝，认为“明朝以制义举士，初时功令犹严，后来数十年间，大失祖宗设科本旨。主司以时文得官，典试以时文取士，竞标新艳，何取渊源。父之训子，师之教弟，猎采词华，埋头哗哔，其名亦曰文章，其功亦穷年皓首，惟以剽窃为工，掇取青紫为志，谁复知读书之义哉！既而不知读书，则奔竞门开，廉耻道丧官以钱得，政以贿成，岂复识忠君爱国，出治临民！”他还娴习艺事，有巧思，“尝为德川光国作《学宫图说》，图成，模之以木，大居其三十分之一，栋梁机椽，莫不悉备。而殿堂结构之法，梓人所不能通晓者，舜水亲指授之，及度量分寸，凑离机巧，教喻缜密，经岁乃毕。光国欲作石桥，舜水授梓人制度，梓人自愧其能之不及。此外，器物衣冠，由舜水绘图教制者甚多。”他在日本虽受人崇拜，但他敢批评日本人心胸狭隘、“量窄意偏”，日后必为中华之祸，“不佞视贵国人，……尝怪周虓，量窄意偏，……所以此念灰冷。”
德川光国之所以能开创独树一帜、颇有成就的水户历史学派，是和朱之瑜多年的教育、熏陶分不开的。 朱之瑜在日执教，对水户藩和加贺藩影响最大。安积觉、今井弘济、小宅生顺等都是经德川光国介绍对朱之瑜执弟子礼的。加贺藩主前田纲纪也很敬重朱之瑜，执弟子礼，所以他的属臣均拜朱为师。加贺藩的属臣奥村庸礼 等人还把服部其衷、五十川刚伯、下川三省几个儒生介绍到朱的门下。
后来安积觉、今井弘济、五十川刚伯、服部其衷、下川三省五人先后成了朱之瑜的近身弟子，并负起年事已高、不谙日语的老师的起居照料、侍奉，对外应酬、联系之责。
这五位弟子中数安积觉日后成就最大，和德川光国一起成为日本水户学派的领袖人物。他13岁从师朱之瑜，接受蒙学。后因父亲病故回家奔丧而中辍学业。安积觉成年后，回忆起自己之所以能学有成就，是因为当年先生“课程严峻，晨读夕诵，故至今不忘耳”。朱之瑜很喜欢这个体弱多病的学生， 亲自为他题写一本作业簿，督促他“逐日书其功课”。安积觉到了晚年还告诫其孙辈：（舜水先生的）“片言只字，皆藏而宝护之，凡吾子孙，当敬之如神明，其有沦落丧失者非吾子孙。”
朱之瑜对其他几位近身弟子也尽心尽力，爱抚备至。他见下川三省“温存淳谨”，“抚之如慈母，督之如严父”。学生五十川刚伯学有基础，朱之瑜怕他“读书难入易出”，鼓励他不要虚费韶华，更上一层楼。服部其衷初投朱之瑜门下，因思乡不安心学习，朱之瑜既不急促，也不为他祚病所惑， 严格要求，一个月后服部其衷学业大进，和老师的感情也日厚笃深。朱之瑜在日本从事教育20余年，其间，或执弟子礼，或从其质疑问学的学生远不止上述几位。学有成就的，还有林春信、佐左宗淳、人见传等人。
后来的日本学者评价说：“天佑以还，儒学以经世治民为要道，不务空理虚论，皆舜水所赐也……不惟后来明治维新受此良好之影响，即于朱氏学说本身发扬而光大之，其功亦伟矣！”梁启超在评论朱舜水时也说：“中国儒学化为日本道德基础，也可以说由舜水造其端。”“舜水人格极为高尚严峻，所以日本知识阶层受其感化最深。”
朱之瑜定居日本後，冷静地回顾和研讨明亡的历史教训，并在六十二岁时，即明亡後的第十七年，写下了著名的《中原阳九述略》。这篇著作共分四章。 第一章题名“致虏之由”。舜水认为明亡的原因主要有二：一是政治腐败。“中国之有逆虏之难，贻羞万世，固逆虏之负恩，亦中国士大夫之自取也。语日：‘木必朽而後蛀生之。’未有不朽之木，蛀能生之者也”。二是学术虚伪。明末科举制成了文人士子攫取个人功名的手段，所以人们穷年皓首于猎取华词、埋头 哗哔之中，不知读书以出治临民之义哉！
第二章论“虏势二条”。一条论天启、崇祯年间，边臣失职，致虏披猖；二条论虏入中原後，搜括徵发，使天下骚然。第三章讲“虏害十条”。
舜水痛斥满清入主中原後的十大罪状有：1.东人之害，自江以北至南京。2.沿海有防边、养兵、藏匿、接济之害。3.近海有造船、帮工、值匠之害。4.签发舵梢之害。5.内地有签派船料、搬运木植之害。6.省会近城各郡有放债举息、买官附营之害。7.仕宦有配发上阳堡、甯古塔之害，并入旗披甲之害。8.买官但计有钱，不问色目之害。9.打老鼠之害。10.拆房屋之害。
第四章名为“灭虏之策”。“灭虏之策，不在他奇，但在事事与之相反。”舜水举例说：“彼以残，我以仁；彼以贪，我以义。解其倒悬，便已登之席；出之汤火，斯为沃之清凉。则天下之赤子与天下英雄豪杰，皆我繈袱之子，同气之弟，安有不合群策，毕群力，以报十七年刺骨之深仇哉？逆虏虽有神谋秘策，亦无所再施。况黔驴之技人穷，山鬼之术尽露。全为百姓勘破，毫无足惧。故知一败涂地，必不可支也。”篇末署名“辛丑年六月望日，明孤臣朱之瑜泣血稽颡拜述”。耿耿忠义之情，力透纸背。这篇著作书写完毕，舜水拜托他的日本至友安东守约收藏保存，谓“他日采逸事於外郡，庶备史官野乘。”