至正十二年（1352），红巾军起，天下震动，朝庭任命余阙代理淮西宣慰副使、都元帅府佥事，分兵镇守安庆。时，天完红巾军徐寿辉正率军围攻安庆，城周尽树寨栅。余阙从小路入城后，即开仓赈济饥民，亲率民兵士卒数千人出正观门，与天完红巾军陈友谅军大战于沙漠洲，冒矢石冲入阵内，连斩陈友谅13员大将，连破红巾军围城寨栅双港寨等43寨。十五年五月，同天完红巾军赵普胜部苦战3日，使其无功自遁。继而又与赵普胜相持20余日，经大小数十战，迫使赵军撤围而退。次年，战事稍减，即组织军民修城防，将城墙普遍加高2丈6尺，并开挖3条长壕，引江水环城；一自枞阳门桥引达集贤门，汇于段塘；一自同安桥引达清水闸，由板桥巷转太平寺，绕八卦门、南门而东，与枞阳门长壕汇合；一自便民桥引达清水涧转外壕，北到段塘湖（今大湖）。组织军民到郊外屯耕劳作，前后扼守安庆7年，历经大小数十战。淮东淮西尽由红巾军占据，唯安庆为完城。朝庭升其为淮西宣慰副使、都元帅、转淮南行省参知政事，寻改左丞并赐二品服。十八年正月，陈友谅大集诸部，乘战数千出洞庭湖口，蔽江直下，树栅塔飞楼环攻安庆，陈友谅、赵普胜、祝寇分别主攻西、东、南门，初七日中午，西门危急，余阙徒步提戟，率军往救，战于清水塘，身负重创10余处。红巾军从城外蜂拥进城，将其重围之。城中四处火起。他见大势已去，遂自刎，沉于清水塘中。陈友谅感其义，派兵觅得其尸，殓葬于正观门外。元廷赠余阙为淮南行省平章，追封豳国公，谥忠宣。曾为辽、金、宋三史修撰，累官至监察御史。阙为政严明，治军与兵士同甘苦，有古良吏风。阙留意经术，五经皆有传注，文章气魄深厚，篆隶亦古雅。著有《青阳集》四卷传于世，见《四库总目》。其妻蒋氏、妾耶律氏、耶卜氏及子德臣、女安安、甥福童闻余阙死，亦投井自尽。后人将该井名“风节井”，并建“一家人”亭于井旁。据桐城洪涛山（今卅铺）、合肥小南门外二里桥等地所存《余氏宗谱》记，余阙为余氏支脉二世祖，安徽桐城、枞阳、潜山、肥东、肥西、长丰、寿县、南陵、六安、凤台等县及河北、河南、陕西、山西、江苏等地均有其后裔。
《沁园春》作者：刘基人生天地间，人孰不死，死节为难。羡英伟奇才，世居淮甸，少年登第，拜命金銮。面折奸贪，指挥风雨，人道先生铁肺肝。平生事，扶危济困，拯溺摧顽。清明要继文山。使廉懦、闻风胆亦寒。想孤城血战，人皆效死，阖门抗节，谁不辛酸。宝剑埋光，星芒失色，露湿旌旗也不干。如公者，黄金难铸，白璧谁完。
余阙，字廷心，一字天心，唐兀氏，世居河西。父沙刺藏卜，官庐州，遂为庐州合肥人。母尹氏，梦异人至，而生阙。少孤，授徒养母。与吴澄弟子张恒游，学日进。 元统元年进士及第，授同知泗州事。为政严明，豪猾慑服。州无麦，民不敢上闻，阙请于中书，著为令，凡无麦者得减赋代还。民大悦，醵金为谢，阙不受。俄召为应奉翰林文字。转刑部主事，与上官议事不合，阙上书宰相言状，又不报，乃弃官归。未几，召修辽、金、宋三史，复入翰林为修撰。拜临察御史，疏言：“守令为亲民之吏，欲天下治，责守令宜用殿最法。”时论韪之。延议遣使者巡察诸路，阙 言：“使者无状，所至供帐饮食，如奉至尊，不能宣上悯恤元元之意，宜亟罢之。”不听。改礼部员外郎，阙议复古礼乐，援据精核，朝廷不能用。安西郭氏女受 聘，夫卒，郭为行服不嫁，有司请旌其门；阙以过于中庸，非制礼所尚，不予旌。出为湖广于省左右司郎中。广西山路峻险，民输官粟费恒倍，阙命瑜布帛代粟，民便之。瑶蛮叛，右丞沙班讨之，逗挠无行意。阙面责之，沙班辞以粮刍不给，阙 下令趣三日具办，沙班遂行。湖南章宣慰以婆律香馈阙，阙疑其重，不受，箧内果置黄金。章叹曰：“余馈达官，无辞者。洁如冰壶，独余公一人耳。”复召入为集贤经历，迁翰林待制。出佥浙东廉访司事，贪吏闻阙至，多解印绶自免。衢州长官燕只吉台贼杀无辜，阙鞫治之，狱上，行台御史与有连，反摭事劾阙。阙复弃官归，旋丁母忧。十二年，江淮盗起，行省平章政事脱忽儿不花承制起阙，权淮西宣慰副使、佥都元帅府事，分兵守安庆。阙对使者曰：“为臣死忠，正在今日，阙曷敢辞。”时城 外皆贼栅，阙从间道入，与将吏议屯田战守事。阙自将攻双港栅，贼殊死斗，兵稍却，阙召败兵誓之曰：“死则俱死，尔何生？”为乃一鼓而进，拔之，诸栅皆次第 降。阙以乡兵捍外，护民耕作，属县潜山八社土沃，垦为兵屯。贼至，辄与战，战必胜，所用者乡兵数千而已。十四年，大饥，阙捐俸二百石，为粥以食饿者，又请于中书，得钞三万锭赈之，全活甚众。十五年夏，霖雨，城下水涌，有物声吼如雷，阙祀以少牢，水顿平。秋，大获，得粮三万斛。阙度兵食路，乃浚隍、增、陴，陴外筑大防堑三重，引江水注之，环 城植木栅，城上起望楼，表里完固。是时，淮东、西皆陷，阙独守安庆，左提右挈，屹为江淮保障。贼伪作尺牍，与城中诸大姓，约为内应。阙曰：“吾民安有是？”悉焚之。贼复令阙故人甘言说降，阙牵出，以铁锥击其齿颊，斩于东门外。论功，累擢同知副元帅、都元帅，赐上尊及黄金束带。江西官军掠州县，样婴儿贯槊上为戏，独不敢入安庆界。广西苗军元帅阿思兰抵庐州，遣使者至，腰刀直入，肋阙供亿。阙叱左右缚付狱，抗疏言：“苗蛮素不被 王化，其人与禽兽等，不宜使入中国”诏阿思兰还军。转淮南行省参知政事，寻改左丞，赐二品服。阙益自奋，誓以死报国。立旌忠祠，集将士祠下，谓之曰：“男 子生为韦孝宽，死为张巡，不可为不义屈。”闻者壮之。十六年，池州贼赵普胜为攻，连战却之。未几又至，淮宁县达鲁花赤百家奴战死。十七年，普胜挟青军，两道来攻，相拒月余，围始解。安庆倚小孤山为屏蔽，阙使义军元帅胡伯颜守之。十月，陈友谅自上游直抵小孤山，伯颜力战四昼夜，败还 安庆。友谅追至山口镇，遂薄城下。阙遣兵扼于观音桥。已而饶州贼攻西门。友谅兵攻东门，已登，阙简死士击之，贼复败走。友谅恚甚，乃并军攻东、西门，阙部 分诸将，昼夜捍之。十一月，普胜攻南门，友谅自攻西门，战不利。阙驻于城东练树湾，据濠为阵，贼渡濠，阙手刃数人，一贼登岸，阙复刺杀之。友谅望见叹曰： “儒者之勇如此，使天下皆余公，何患城守之不固哉。”遂退。十二月，普胜复攻东门，阙矢贯左目，昏瞀不知人事，将士卫阙还。阙苏而骇愕、谓左右曰：“吾死得其地，瞑目无憾，汝奚以吾归？”于是，复卫阙出。十八年春正月，普胜军东门，友谅军西门，饶州贼军南门，群贼蚊附，战舰蔽江而下。友谅攻西门急，阙自当之，分遣部将督三门之兵。阙身先士卒，斩首无算， 而阙亦身被十余创。俄城中火起，阙知城已陷，乃引刀自刎，坠濠西清水塘而死，年五十六。妻蒋氏、妾耶律氏、女安安，皆赴井死。子德臣，年十八，通经史大 义，亦溺水死。甥福童战死。侄婿李宗可，蕲州人，为义兵元帅，手刃妻子自刎死。吏民登城楼，自去其梯曰：“宁俱死此，誓不从贼。”乃纵火自焚。其知名者， 万户纪守仁、陈彬、金承宗，都事帖木儿不花，万户府经历段桂芳，千户火失不花、新李、卢廷玉、葛延龄、丘卺、许元琰，奏差兀都蛮，百户黄寅孙，推官黄秃伦歹，经历杨恒，知事余中，怀宁尹陈巨济，凡十八人。阙号令严明，与下同甘苦。尝病不视事，将士皆吁天乞以身代，阙闻之，强衣冠而出。临乱，矢石雨下，左右以盾蔽，阙却之曰：“汝辈亦有命，何蔽我！”故人 人为之效死。稍暇，即注《周易》，率诸生会讲郡学，立将士门外听之，俾知尊君亲上之认，有古儒将风。赠摅诚守正清忠谅节功臣、荣禄大夫、淬淮南江北等处行中书省平章政事、上柱国，追封豳国公，谥忠宣。阙留意经学，五经皆有撰述。尤工诗文，门人辑为《青阳山房集》五卷。初金溪危素以文学征，或问于虞集，集曰：“素事业匪所敢知，必求其人，其余阙乎？” 或问：“何以知阙？”集曰：“吾于阙文字见之。”后竟如其言。阙既死，陈友谅义之，以金赎其尸，具棺敛葬于安庆西门外。明太祖复为阙立庙于忠节坊，命有司至祭焉。史臣曰：“以董抟霄之智勇，而使爱节制于纽的该，卜兰奚等，往来奔命，死于盗贼，悲夫！余阙兼资文武，守孤城以抗方张之寇。阙尝曰；‘男子当生为韦孝宽，死为张巡。’呜乎！阙固巡之亚匹也，岂孝宽所敢望哉！”