贝琼曾祖贝珪，宋理宗时由苏州徙崇德（今浙江桐乡），筑室语儿溪上，遂为史山。史山即殳山（今属浙江海宁双山乡）。贝琼约生于元成宗大德初，卒于明太祖洪武十二年，年八十余岁。少年时即颖悟，性坦率，不修边幅而笃志好学，博通经史百家。师事同乡黄次山、会稽杨维桢。元末世乱，隐居教授，往来于华亭（今江苏松江）、海昌（今浙江海宁）间，生徒云集。又曾主教幽湖（今桐乡濮院）朱显道家。48岁时始领乡荐，游京师，作《真真曲》，由此知名。时张士诚据平江（今苏州市），贝琼隐居殳山，累征不就。
明洪武三年(1370)，举明经，召修《元史》。同官李敏卿等称其叙事直而不徇。史成，受赐归乡。洪武五年，奉命出任浙江乡试官。次年，任国子助教，后改作中都国子监，教授勋臣子弟。与张美和、聂铉齐名，时称“成均三助”。曾叹古乐衰废，堂堂成均（官设学校），徒具其名，作《大韶赋》以寄感慨。在史馆，与金华宋景濂相友善，凡有著作，常互相推让。及景濂为司业，建议祀伏羲、神农、黄帝、尧、舜、禹、汤、文、武于天子之学。太祖拒不采用，而当时犹有赞同者，琼乃作《释奠》以解辩之，赢得识者之赞赏。其坚持正道，大多类此。洪武十一年，致仕归。翌年，卒于家，葬于语儿乡。
贝琼有子5人，大多有文名。次子贝翱字秀翔，能诗，著有《平淡集》。
明潘廷章《硖川图志》载：殳山又作芟山，西山之西北六里，高二十余丈，周七里，桐辖也。《桐邑志》曰：殳山，因殳仙而得名。殳仙名基，得导引术入千金乡，相传宋时人，登此山数年，跌坐而化……其地历史，据《石泾小志》载：“汉代为由拳县西南境，三国（吴）后改属嘉兴，五代（后晋）时又改属崇德，明代宣德五年（1430）后划归桐乡。至1950年，殳山又划归海宁双山乡。
从贝琼的诗可以看出，他可能就是海宁当时的殳山人，有《殳山隐居诗》为证：病客从教懒出村，两山一月雨昏昏。野花作雪都辞树，溪水如云欲到门。无复元戎喧鼓吹，试从田父牧鸡豚。来青处士时相过，犹是平原旧子孙。”
光看此诗还不足以说明问题，殳山山麓有他的故宅与来青堂主陆容的遗址。殳山位于硖石镇双山村，分为东殳山和西殳山，东殳山也称史山。所《硖石图志》记载：“殳山在西山之西六里，高二十余丈，周七里，桐辖也。”桐邑志曰：“因殳仙而得名。殳仙名基，得导引术入千金乡。相传宋时人，登此山数年，趺坐而化，其徒收瘗惟巾氅云。”殳山上名胜古迹很多，据《桐乡县志》记载：“山上有潮音庵，又有殳仙石、铜棺冢、洗药池、炼丹台、藏兵坞、小赤壁、一滴泉、公主墓诸胜迹，山麓有明初贝清江故宅及陆容来青堂遗址。”1950年，桐乡县屠甸区殳山乡的七个村并入海宁县。20世纪80年代，已将殳山改为公墓。
殳山原属桐乡，后改归为海宁。故说贝琼是桐乡人也没错，说他是海宁人更是没错。现殳山归属海宁的双山乡，那贝琼自然就是海宁人了。另外，他还写了《游殳山诗》：
神人夜割蓬莱股，苍然尚作青狮舞。殳基得道此飞腾，烟火千家自城坞。前年盗起官军下，存者如星绕四五。我来欲置读书床，出入未愁穿猛虎。山寒月黑无人声，夹道长松作风雨。”
从诗句来看，贝琼确实曾在殳山隐居。